Semula, kata Sarip Samboja adalah satu kecamatan dalam Kotamadya Samarinda.
Sejak 1988 Samboja gabung ke Kabupaten Kutai.
Ketika kabupaten Kutai dimekar 1999, kecamatan yang mempunyai Taman Hutan Raya Bukit Soeharto ini dimasukin ke Kabupaten Kutai Kartanegara
Hingga pada 2019 Jokowi menunjukkan sebagian wilayah ini jadi ibu kota negara.
Awal mula Kecamatan Sepaku adalah kampung. Nama Sepaku diambil dari nama tumbuhan biotik, Paku.
Wilayah ini masuk teritori Balikpapan Sebrang. Di Kampung ini dulu hidup etnis asli Balikpapan.
Mulai dari 1945 suku Baliq yang minoritas di Kota Balikpapan mulai langka eksistensinya.
Masuk abad 21 etnis ini makin sulit ditemui karena faktor perkawinan beda suku terutama suku Paser dan Banjar.
Kemudian Sepaku pada 1988 beralih kepemilikan dari Kotamadya Balikpapan ke Kabupaten Pasir.
Sejak itu pula nama Kecamatan Balikpapan Seberang dihapuskan. Sepaku dimasukkan ke Kecamatan Penajam.