Ada juga sungai yang melewati Kabupaten Manokwari, diantaranya adalah Sungai Wariory, Sungai Prafi, Sungai Mandopi, Sungai Kesi, Sungai Momi, dan sungai Ransiki.
Dalam hal transportasi, Manokwari memiliki fasilitas seperti bandara, pelabuhan, dan terminal bus.
Bandara yang melayani Manokwari adalah Bandar Udara Rendani.
Pelabuhan yang ada di Manokwari adalah Pelabuhan Manokwari yang melayani kapal penumpang dan barang.
Terminal bus yang ada di Manokwari adalah Terminal Bus Wosi.
Manokwari merupakan salah satu wilayah penuh sejarah bagi masyarakat Kristen di Papua.
Hal ini karena pada tanggal 5 Februari 1855, dua orang penginjil mendarat di Pulau Mansinam dan memulai karya penyebaran agama Kristen Protestan di kalangan suku-suku yang masih suka berperang satu sama lain.
Dilansir dari laman resmi Kabupaten Manokwari, kedua orang tersebut adalah C.W. Ottow dan J.G.Gleissler.
Kedua penginjil itu mendaratkan kakinya di Pulau Mansinam (Teluk Doreri), dan dari tempat inilah kemudian berita Injil tersebut diberitakan ke seluruh daratan Papua.
Berdasarkan sejarah pekabaran Injil tersebut, maka Manokwari menjadi kota pertama masuknya Injil di tanah Papua dan menyandang julukans ebagai “Kota Injil”.
Berlanjut pada masa kedatangan Belanda, Manokwari sempat menjadi ibu kota Afdeling Noord Nieuw Guinea (Irian Jaya Bagian Utara) yang meliputi wilayah Sorong sampai Jayapura.
Setelah kemerdekaan Indonesia yang diproklamasikan pada tanggal 17 Agustus 1945, tanah Papua (Irian Jaya) memang masih dikuasai Belanda.
Hingga akhirnya pembentukan Provinsi Irian Barat resmi dilakukan bertepatan dengan hari ulang tahun kemerdekaan Republik Indonesia yang ke-39 pada tanggal 17 Agustus 1956.
Namun baru pada tanggal 1 Mei 1963 atau setelah persetujuan New York, pemerintah Republik Indonesia mulai menjalankan pemerintahannya di Irian Barat.
Kemudian pada tanggal 14 Juli 1969 - 2 Agustus 1969 dilaksanakan Penentuan Pendapat Rakyat (PEPERA) di Irian Barat yang hasilnya adalah rakyat Irian Barat tetap memilih bergabung dengan Republik Indonesia.