Dari papan informasi di Goa Braholo diketahui ekskavasi dilakukan pada 1995 dipimpin oleh Truman Simanjuntak dari Pusat Penelitian Arkeologi Nasional.
Selama penelitian berlangsung, digali 14 kotak ekskavasi dengan temuan berbagai tembikar sisa biji-bijian, yang sebagian di antaranya terbakar hingga sisa fauna yang melimpah.
Penggalian bervariasi mulai 3-7 meter. Ekskavasi dihentikan karena terhalang blog gamping.
Pada kedalaman paling bawah masih ditemukan fosil. Ditemukan beberapa tulang manusia tiga di antaranya masih utuh, sisanya berupa fragmen.
Baca juga: Kampung Pitu, Desa di Gunungkidul yang Hanya Dihuni 7 Keluarga
Peneliti dari Pusat Penelitian Arkeologi Nasional, Thomas Sutikna, pada 24 Oktober 2017 menyampaikan, pola kehidupan manusia kala itu sudah berkelompok dan berpindah belum menetap.
Mereka akan mencari goa baru untuk tempat tinggal.
"Goa Braholo unik karena ditemukan jejak peninggalan dari yang tua hingga muda. Paling muda zaman Neolitikum atau sudah mengenal gerabah 2000 sampai 2500 tahun yang lalu, kapak batu, yang sudah dipoles," ucap Thomas yang juga Peneliti dari Centre for Archaeological Science, University of Wollongong, Australia.
Manusia kala itu, memburu hewan untuk dimakan. Hal itu diketahui dari penemuan tulang hewan.
Dari awal penggalian semakin ke dalam semakin besar, lapisan atas monyet ekor panjang, babi, luwak atau musang, lingsang, tikus besar dan kecil, anjing tua, rusa sampai umur 3.000 tahun.
Baca juga: Ini Temuan Arkeologi di Indonesia dalam Satu Dekade Terakhir
Untuk penemuan kerang, manusia saat itu sudah mencari kerang di laut. Lalu mereka membuat manik-manik untuk hiasan dari kulit kerang.
"Semakin dalam 13.000 tahun ke bawah binatangnya semakin membesar seperti sapi, kerbau, badak, gajah asia hanya ditemukan giginya (di kedalaman 7 meter) usianya diperkirakan 33.000 tahun. Usia paling tua 25-33.000 tahun lalu, namun belum ditemukan mengenai manusianya, untuk manusia baru ditemukan di lapisan bagian tengah atau sekitar 7.000 (Sebelum Masehi)," ucap Thomas.