Wilayah terparah adalah Kabupaten Malaka, Nusa Tenggara Timur (NTT), karena letaknya berada persis di hulu, dan mendapat banjir kiriman dari Timor Tengah Utara (TTU) dan Timor Tengah Selatan (TTS).
Untuk Kabupaten Malaka, sedikitnya 27 desa di tiga kecamatan yakni Kecamatan Malaka Barat (16 desa), Malaka Tengah (6 desa), dan Weliman (5 desa) terendam banjir setinggi 1,5 sampai 2 meter, menyusul meluapnya Sungai Benenain.
Relawan Pemerhati Bencana NTT wilayah Malaka, Patrisius Seran Klau, kepada Kompas.com, Minggu (23/6/2013), mengatakan, banjir sudah merendam rumah warga sejak Jumat (21/6/2013) kemarin, tetapi puncaknya terjadi hari ini.
“Hujan yang turun terus-menerus turun tanpa henti selama dua hari ini, membuat Sungai Benenain tidak mampu lagi menampung jumlah debit air sehingga meluap dan merendam rumah warga,” kata Patrisius.
Menurut Patrisius, salah satu pemicu meluapnya Sungai Benenain yakni banjir kiriman dari dua Kabupaten tetangga, antara lain Kabupaten Timor Tengah Utara (TTU) dan Timor Tengah Selatan (TTS).
“Setiap tahun bila musim hujan tiba, dua kabupaten tetangga menjadi penyuplai banjir terbesar, karena posisi Kabupaten Malaka, khususnya Malaka Barat persis berada di hilir,” kata Patrisius.
Patrisius juga mengatakan, tanggul penahan yang selama ini sudah dibangun oleh Pemerintah Kabupaten Belu dan warga setempat juga tak mampu menahan kuatnya arus banjir sehingga tanggul pun sebagian besar sudah rusak.
Selain itu juga, kata Patrisius, banjir juga merusak jalan yang menghubungkan Kabupaten Malaka dengan Kabupaten Belu, TTU, dan TTS sehingga sampai saat ini daerah Malaka masih terisolasi. ”Banjir tambah parah sekarang,” ujar Patrisius singkat.