Tak hanya kayu jati, ada pula semen dan besi ikut dibawa dari luar Maumere untuk pembangunan gereja berukuran panjang 47 meter dan lebar 12 meter yang dikelilingi oleh perbukitan dan pantai itu.
Jika dilihat dari tampak muka, bangunan Gereja Tua Sikka berbentuk dua susun kerucut.
Baca juga: Misa di Gereja Katedral Semarang Terapkan Prokes Ketat, Jemaat Diberi Kartu Khusus
Di atap bangunan muka terdapat menara lonceng abu-abu setinggi 15 meter dengan atap berbentuk kerucut dilengkapi salib di puncaknya.
Pintu masuk gereja dilindungi sebuah atap yang ditopang oleh struktur kayu jati. Di kiri dan kanan pintu masuk terdapat jendela berkaca patri yang tertutup rapat.
Dan di pintu masuk itu pula terdapat dua patung setingi 1,5 meter, yaitu patung Santo Ignatius Loyola dan Santo Yosef.
Di bagian dalam gereja terdapat barisan ratusan bangku panjang terbuat dari kayu jati.
Tepat di atas deretan bangku kayu ini kita dapat melihat dengan jelas genteng bangunan gereja karena rangka atapnya dibuat tanpa plafon.
Baca juga: Pemuda Muslim Jaga Ibadah Natal Sejumlah Gereja di Ambon
Sebanyak 16 tiang kayu jati digunakan untuk menopang struktur atap mulai dari bagian depan hingga menuju altar.
Kayu-kayu itu dibuat melengkung dan disambung membentuk atap kerucut. Struktur kayu penopang atap ini kemudian disangga oleh kayu-kayu berbentuk silang. Seluruh kayu penopang tadi dicat warna cokelat dan kuning.
Di tiap sisi bangunan gereja terpasang 36 jendela kayu tanpa kaca. Di bagian atasnya terpasang jendela dengan ukuran lebih kecil, sebanyak 48 buah dengan kaca warna kuning kusam.
Meski bangunan gereja ini banyak menggunakan struktur kayu, konstruksinya tetap kokoh meski pernah dihantam gelombang tsunami yang melanda Maumere pada 1992.
Baca juga: Gereja Kotabaru Yogyakarta Larang Umat Bawa Tas Ransel Saat Misa Natal
Motif pada dinding ini sudah ada sejak pertama kali gereja digunakan untuk misa malam Natal 24 Desember 1899 dan tetap dipertahankan hingga saat ini.
Pada bagian altar terdapat motif khusus berupa tenunan pada pakaian kebesaran raja berbentuk belah ketupat.
Gereja ini memiliki halaman muka yang cukup luas dan tepat di sayap kanan bangunan utama terdapat gedung Pastoran Santo Ignatius Loyola Sikka.
Baca juga: Ridwan Kamil Salurkan Kredit Mesra untuk Jemaat Gereja Jelang Misa Natal