Bentrokan terjadi sekitar pukul 06.00 WIT saat peringatan Hari Pattimura yang jatuh setiap 15 Mei. Setiap kali peringatan ini, obor Pattimura diarak dari Gunung Saniri, Pulau Saparua, menuju Lapangan Merdeka, Ambon. Ini untuk mengenang perjuangan Pattimura di Saparua yang dihukum mati Belanda di Benteng Victoria, Ambon.
Saat iring-iringan pembawa obor berada dekat pertigaan Jalan Rijali dan Tulukabessy, Ambon, bentrokan antarwarga terjadi. Kepala Kepolisian Daerah Maluku Brigadir Jenderal (Pol) Syarief Gunawan masih menyelidiki pemicu bentrokan.
Diduga, bentrokan dipicu sejumlah orang yang memaksa ikut membawa obor. ”Faktor lain, api obor mengenai penonton setelah pembawanya mempertontonkan atraksi menyemburkan minyak tanah pada api obor,” ujarnya.
Bentrokan melibatkan ratusan warga yang menonton arak-arakan tersebut. Mereka yang sebelumnya membaur kemudian terpecah menjadi dua. Mereka kemudian saling melempar batu. Tidak lama berselang, sejumlah warga terlihat menggunakan senjata tajam dan panah, bahkan terdengar ledakan bom rakitan.
Akibatnya, puluhan warga terluka. Mereka dirawat di sejumlah rumah sakit. Tiga rumah di Jalan Rijali terbakar dan 10 sepeda motor hangus.
Ratusan polisi dan tentara yang berjaga di lokasi kewalahan meredam bentrokan. Berulang kali mereka melepaskan tembakan peringatan, tetapi tak digubris. Bentrokan baru reda sekitar satu jam setelah pasukan tambahan dilengkapi kendaraan panser dan mobil barakuda datang.
Polisi dan tentara juga dengan cepat memperketat pengamanan di daerah yang kerap terjadi bentrokan. Dengan begitu, bentrokan tidak meluas ke seluruh Ambon. Selasa siang, kondisi di lokasi bentrokan sudah kondusif.
Selasa siang, Gubernur Maluku Karel Albert Ralahalu mengadakan pertemuan dengan tokoh agama, tokoh masyarakat, dan pemuda. Ia menyayangkan bentrokan terjadi saat Ambon bersiap menjadi tuan rumah Musabaqah Tilawatil Quran tingkat nasional, 8 Juni mendatang.
Uskup Amboina PC Mandagi juga kembali mengutarakan kekecewaan atas lemahnya kinerja intelijen dan aparat keamanan dalam mencegah serta mengantisipasi bentrokan. Dia mendesak pelaku bentrokan dihukum. ”Selama ini setiap kali bentrokan tidak pernah ada yang ditangkap,” kata Mandagi.
Kritik serupa dikatakan Ketua Sinode Gereja Protestan Maluku Pendeta John Ruhulessin. ”Perlindungan negara terhadap warga sipil di Ambon sangat lemah,” ujarnya. Kapolres Ambon dan Pulau-pulau Lease Ajun Komisaris Besar Suharwiyono mengaku belum ada satu pun yang ditangkap akibat bentrokan.