Selama periode gencatan senjata inilah Tuanku Imam Bonjol mencoba memulihkan kekuatan dan merangkul kembali Kaum Adat.
Sehingga akhirnya muncul suatu kesepakatan yang dikenal dengan nama "Plakat Puncak Pato" di Bukit Marapalam, Kabupaten Tanah Datar.
Kesepakatan ini berbunyi "Adat Basandi Syarak, Syarak Basandi Kitabullah" yang artinya "adat Minangkabau berlandaskan kepada agama Islam, dan agama Islam berlandaskan kepada Al-Qur'an" dan menjadi puncak revolusi Islam dalam adat Minangkabau.
Perang saudara yang berlangsung dari tahun 1803 hingga tahun 1821 dan telah merugikan kedua belah pihak baik harta maupun korban jiwa pun berakhir.
Berakhirnya perang Diponegoro mengembalikan kekuatan Belanda yang kembali mencoba untuk menundukan Kaum Padri.
Keinginan kuat Belanda untuk menguasai perkebunan kopi di kawasan pedalaman Minangkabau membuat mereka melanggar perjanjian yang telah dibuat sebelumnya dengan menyerang nagari Pandai Sikek.
Diketahui nagari Pandai Sikek adalah daerah yang mampu memproduksi mesiu dan senjata api.
Belanda juga membangun benteng Fort de Kock di Bukittinggi untuk memperkuat kedudukannya.
Pada tanggal 11 Januari 1833, Kaum Padri dan Kaum Adat yang telah bersatu melakukan penyerangan pada beberapa kubu pertahanan dari garnisun Belanda.
Belanda yang menyadari keadaan telah berubah kemudian mengeluarkan "Plakat Panjang" berisi pernyataan bahwa kedatangan Belanda ke Minangkabau tidak bermaksud untuk menguasai nagari tersebut, melainkan untuk berdagang dan menjaga keamanan.
Sebagai Belanda alasan bahwa untuk menjaga keamanan, membuat jalan, membuka sekolah akan memerlukan biaya, maka penduduk setempat diwajibkan menanam kopi dan menjualnya kepada Belanda.
Perlahan-lahan Belanda menyusup dan melakukan penyerangan hingga pada tahun 1837 Benteng pertahanan Tuanku Imam Bonjol dapat dikuasai Belanda. Bahkan Tuanku Imam Bonjol berhasil ditipu dan ditangkap.
Peperangan berlanjut sampai akhirnya benteng terakhir Kaum Padri di Dalu-Dalu (Rokan Hulu) yang dipimpin oleh Tuanku Tambusai jatuh ke tangan Belanda pada 28 Desember 1838.
Perang Padri pun dianggap selesai dengan kemenangan jatuh ke pihak Kolonial Belanda, sementara Tuanku Tambusai bersama sisa-sisa pengikutnya terpaksa pindah ke Negeri Sembilan di Semenanjung Malaya.
Kerajaan Pagaruyung akhirnya menjadi bagian Pax Netherlandica di bawah kendali Hindia Belanda.