Saat mendengar Aryo Penangsang tewas dibunuh Sutowijaya, Ratu Retno Kencana keluar dari pertapaan dan ia dilantik sebagai penguasa Jepara dan bergelar Nimas Kalinyamat.
Ratu Kalinyamat dinobatkan menduduki puncak tahta pada 10 April 1549, bertepatan dengan candra sengkala Trus (Karya Titaning Bumi).
Ratu Kalinyamat merupakan keturunan Brawijaya V, raja terakhir Majapahit dari Raden Patah (Raja Demak pertama). Ayahnya sang Sultan Trenggana, adalah anak dari Raden Patah yang juga Sultan Demak III (1505-1521) (M.C. Ricklefs dalam buku Sejarah Indonesia Modern).
Baca juga: Hari Kartini, Mengenal Lebih Dekat Kebaya dan Sejarahnya
Di masa pemerintahan Ratu Kalinyamat (1549-1579), Jepara berkembang menjadi bandar niaga di Pulau Jawa.
Sang ratu juga dikenal memiliki jiwa patriotisme salah satunya dbuktikan saat ia mengirim armada perang ke Malakan untuk menyerang Portugis pada tahun 1551.
Kala itu serangan melibatkan 40 buah kapal yang berisi 5.000 prajurit. Namun sayangnya serangan tersebut gagal saat prajurit Kalinyanat melakukan serangan darat.
Tentara Portugis yang memiliki senjata lengkap, memukul mundur tentara Kalinyamat.
Baca juga: Hari Kartini ala Semarang Doll Lovers, Menyuguhkan Boneka dalam Balutan Kebaya Etnik
Dua puluh empat tahun setelah serangan pertama. Ratu Kalinyamat kembali mengirikan armada militernya yang lebuh besar menyerang Portugis di Malaka.
Kala itu ada 300 kapal yang di antaranya 80 buah kapal jung dengan awal 15.000 prajurit pilihan.
Pengiriman armada militer kedua ini di pimpin oleh panglima terpenting dalam kerajaan yang disebut orang Portugis sebagai quilimo.
Perang kedua ini berlangsung berbulan-bulan dan tentara Kalinyamat juga tidak berhasil mengusir Portugis dari Malaka.
Baca juga: Ruhana Kuddus, Wartawati Pertama yang Gencar Menentang Poligami, Nikah Dini dan Dominasi Laki-laki
Namun serangan tersebut telah membuat Portugis takut dan jera berhadapan dengan Raja Jepara. Terbukti dengan bebasnya Pulau Jawa dari Penjajahan Portugis di abad 16 itu.
Sepak terjang Ratu Kalinyamat membuat Portugis menyebut sang ratu sebagai Rainha de Jepara Senora de Rica yang artinya Raja Jepara seorang wanita yang sangat berkuasa dan kaya raya.
Menurut catatan sejarah Ratu Kalinyamat wafat pada tahun 1579 dan dimakamkan di desa Mantingan Jepara, di sebelah makam suaminya Pangeran Hadiri.
Di masa Ratu Kalinyamat, Jepara menjadi negeri yang makmur, kuat dan mashur.